曝気槽の活性汚泥や、処理水のpHが通常時よりも低下した場合には、以下の原因が考えられる。
硝化反応は、低負荷が続いた場合や、窒素負荷が増加した場合に起こりやすい。
2.有機酸増加
もともと原水に含まれていた有機酸（酢酸、ギ酸など）が何らかの原因で増加し、その有機酸の分解が不十分になっている場合が多い。原水槽、調整槽で、新たに有機酸が生成している場合もある。
また、高負荷条件の接触曝気槽でも有機酸が生成しやすい。
3.無機酸の流入
上流工程より、普段は流入していない無機酸（硫酸、塩酸など）が流入している。
4.分解後に酸を生成する物質の流入
例えば、DMSO（ジメチルスルホキシド）が分解すると、硫酸が出来る。
５.二酸化炭素による炭酸の増加
排水中の有機物が活性汚泥により酸化分解されると、二酸化炭素が生成される。二酸化炭素が活性汚泥や処理水に大量に残存すると、pHは低下する。
排水の組成によっては、生物処理完了後に低ｐHとなり、放流基準を守れない場合もある。そのような場合は、苛性ソーダなどを自動添加する、pH調整機能（中和槽など）の追加が望ましい。