種汚泥は、近隣の下水処理場などから入手する場合が多い。石油化学系など、馴養に時間がかかる排水の場合は、組成の似た排水を処理している事業所の活性汚泥を種汚泥とすることが望ましい。馴養期間を短縮することが出来る。
他社から汚泥を入手する際は、廃棄物処理法に抵触しないよう、注意が必要である。
種汚泥の入手が困難な場合は、水処理装置・薬品・メンテナンス企業に相談すれば良い。種汚泥として「微生物製剤」を使用することもある。
なお、嫌気性処理(UASB等)の場合は、好気性の活性汚泥以上に種汚泥が重要である。好気処理と比較して、汚泥の増殖が非常に遅いためである。
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